Le bureau dirige le syndicat, en application de ses statuts. Il est composé, outre son président, de quatorze membres titulaires élus pour trois ans par le congrès (depuis le congrès de Metz de 2023 ; deux ans auparavant). Le bureau attribue, par élection en son sein, des fonctions exécutives à ses membres, en particulier deux postes de vice-président.
Le bureau en fonction, élu au congrès de Metz de 2023, est composé de la façon suivante, à la suite de la réunion du bureau national élargi du SJF du 5 mars 2024 :
| Président | Audrey CAVAILLIER |
| Vice-président | Laurent CATINAUD |
| Vice-président | Marc SIMON |
| Secrétaire général | Vincent BERIDOT |
| Secrétaire général adjoint | Antoine GOBIN |
| Trésorier | Philippe JAMIN |
| Membre | Laurence CHENKIER |
| Membre | Isabelle FRANCOIS |
| Membre | Arnaud PIERRAT |
| Membre | Caroline DUPUIS-VERBEKE |
| Membre | Pierre GENÈVE |
| Membre | Sidonie REALLON |
| Membre | Sylvie WUSTEFELD |
| Membre | Valentine VINESSE |
| Membre | Matthieu LY VAN LUONG |
Le SJF dispose également d’un réviseur aux comptes, dont la fonction est actuellement assurée par Axelle TOUPET.
En vertu des statuts, le conseil national peut être réuni ; celui-ci comprend les membres du bureau et les délégués de section. Le conseil national est réuni pour prendre position sur des sujets d’importance stratégique qui requièrent une large approbation.