Les magistrats des chambres régionales et territoriales des comptes ont le statut de magistrat. Ils sont inamovibles mais régis par le statut de la fonction publique d’État et non celui de la magistrature dans l’exercice de leurs fonctions.
L’indépendance des juridictions financières se traduit, outre par l’inamovibilité statutaire des magistrats, par une triple liberté : liberté de programmation de leurs travaux et du choix de leurs contrôles et de leurs enquêtes ; liberté pour l’adoption de leurs observations et recommandations ; liberté éditoriale dans leurs publications. Le programme des travaux de chaque juridiction financière est arrêté chaque année par son président, après avis du parquet. Il repose sur des priorités stratégiques librement déterminées par la juridiction, en fonction des risques et des enjeux qu’elle a identifiés : maîtrise des risques d’atteinte à la régularité et à la probité ; modernisation et performance de la gestion publique ; efficience des politiques publiques.