Le bureau dirige le syndicat, en application de ses statuts. Il est composé, outre son président, de quatorze membres titulaires élus pour trois ans par le congrès (depuis le congrès de Metz de 2023 ; deux ans auparavant). Le bureau attribue, par élection en son sein, des fonctions exécutives à ses membres, en particulier deux postes de vice-président.
Lors du Congrès de Paris fin 2024, la présidente Audrey CAVAILLIER a été réélue, accompagnée de quatre nouveaux membres au sein du bureau : Sabra BENNASR-MASSON, Jérémy HEBERT, Vincent TOISIER et Yann GUERRIER-ROUCH. Ainsi, le bureau en fonction est composé de la façon suivante :
| Présidente | Audrey CAVAILLIER |
| Vice-président | Laurent CATINAUD |
| Vice-président | Marc SIMON |
| Secrétaire général | Vincent BERIDOT |
| Secrétaire général adjoint | Antoine GOBIN |
| Trésorière | Sabra BENNASR-MASSON |
| Membre | Laurence CHENKIER |
| Membre | Jérémy HEBERT |
| Membre | Arnaud PIERRAT |
| Membre | Caroline DUPUIS-VERBEKE |
| Membre | Pierre GENÈVE |
| Membre | Sylvie WUSTEFELD |
| Membre | Vincent TOISIER |
| Membre | Yann GUERRIER-ROUCH |
Le SJF dispose également d’un réviseur aux comptes, dont la fonction est actuellement assurée par Axelle TOUPET.
En vertu des statuts, le conseil national peut être réuni ; celui-ci comprend les membres du bureau et les délégués de section. Le conseil national est réuni pour prendre position sur des sujets d’importance stratégique qui requièrent une large approbation.