Sur saisine du préfet, les CRTC participent aux procédures de contrôle budgétaire. Elles lui proposent des solutions lorsqu’un budget n’est pas voté dans les délais prescrits par la loi ou lorsqu’il est voté en déséquilibre, en l’absence d’inscription au budget d’une dépense obligatoire ou encore lorsqu’un compte administratif est rejeté ou fortement déficitaire. Le préfet ne peut alors régler le budget de la collectivité ou de l’établissement qu’après avoir pris l’avis de la chambre régionale. Les chambres, dans ce cadre, ne sont plus des censeurs mais des conseils dont l’expertise financière et l’indépendance sont reconnues.